對于第一階段審核過的HACCP體系的相應部分，被確定為實施充分有效并符合要求的，第二階段可以不再對其審核，但認證機構應確保HACCP體系已審核的部分持續符合認證要求。
第二階段的審核報告應包含第一階段審核中的審核發現，并且應清楚地表述第一階段審核已經確立的符合性。第一階段和第二階段審核的間隔應不超過6個月。如果超過6個月，應重新實施第一階段審核。
在審核中應通過適當的抽樣來獲取與審核目的、范圍和準則相關的信息并進行驗證，使之成為審核證據。信息獲取方法可包括面談、觀察、文件和記錄的審查等。
審核組應確定審核發現（概述符合性并詳細描述不符合），并予以分級和報告，為認證決定或保持認證提供充分的信息。
對于審核中發現的不符合，認證機構應出具書面不符合報告，要求認證委托人在規定的期限內分析原因、說明為消除不符合已采取或擬采取的具體糾正和糾正措施，并提出明確的驗證要求。認證機構應評審認證委托人提交的糾正和糾正措施，以確定其是否可接受。認證委托人對不符合采取糾正和糾正措施的時間不得超過3個月。
審核組應對在第一階段和第二階段審核中收集的所有信息和證據進行分析，以評審審核發現并就審核結論達成一致。
審核組應為每次審核編寫書面審核報告，認證機構應向認證委托人提供審核報告。認證機構如須向行業主管部門或其他第三方提供審核報告時，應獲得認證委托人同意。審核報告應提供對審核的準確、簡明和清晰的記錄，為認證決定提供充分的信息，并應包括或引用下列內容：
（1）認證委托人的名稱、場所、地址和審核范圍；
（2）審核的類型、準則和目的；
（3）審核組組長、審核組成員及其個人注冊信息；
（4）審核活動的實施日期和地點，包括固定現場和臨時現場；
（5）對偏離審核計劃情況的說明，包括對審核風險及影響審核結論的不確定性的客觀陳述；
（6）與審核類型的要求一致的審核發現、對審核證據的引用及審核結論，特別是對食品安全危害控制措施實施有效性的評價；
（7）發現的不符合項和其他未解決的問題；
（8）適用時，在上次審核后發生的影響客戶HACCP體系的重要變更；
（9）審核組的推薦意見。
